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中国生物医学工程学报  2017, Vol. 36 Issue (5): 557-564    DOI: 10.3969/j.issn.0258-8021.2017.05.007
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面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台
郭靖文, 杨晟, 史涪仁, 邵晨, 张璐璐, 王恒*, 杨啸林*
中国医学科学院基础医学研究所,北京协和医学院基础学院,北京 100005
A Biomedical Ontology Repository and Platform Focused on Precision Medicine
Guo Jingwen, Yang Sheng, Shi Furen, Shao Chen, Zhang Lulu, Wang Heng*, Yang Xiaolin*
Institute of Basic Medical Sciences, Chinese Academy of Medical Sciences, School of Basic Medicine, Peking Union Medical College, Beijing 100005, China
全文: PDF (10312 KB)   HTML (1 KB) 
输出: BibTeX | EndNote (RIS)      
摘要 在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加。为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应用平台。通过复用NCBO BioPortal技术,搭建MedPotal软件框架。遴选精准医学相关本体,建立本体资源库。对原框架中的代码和本体处理工具进行修正和完善,使之能够在本体稳定运行的基础上满足大批量数据的自动化处理。目前,该平台已整合42个生物医学本体,建立了本体之间术语映射关系,通过页面和REST API方式,提供术语检索、本体映射、数据标准化注释等本体应用服务(http://medportal.bmicc.cn)。MedPortal本体平台将为生物医学数据整合提供帮助。
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郭靖文
杨晟
史涪仁
邵晨
张璐璐
王恒
杨啸林
关键词 生物医学本体MedPortal数据库本体映射本体注释    
Abstract:In the past decade, ontology has been widely used in biomedical data analysis, search, integration and reuse. As ontology itself is a specific type of data, the amount of ontologies has also increased rapidly. In order to promote the integration of precision medicine data sets and provide ontology resource service for domestic users, we constructed MedPortal, an ontology repository and platform. Reusing NCBO BioPortal technology, we constructed MedPortal software framework. We selected precision medicine-related ontologies and built MedPortal ontology repository. Further, we modified some original code in order that MedPortal could run smoothly in the new network environment. Now MedPortal ontology repository has been successfully constructed. So far, 42 biomedical ontologies have been imported into MedPortal, mappings among which have also been created. Several ontology services including term search, ontology mapping, and data annotation are provided through websites and REST API, accessible at: http://medportal.bmicc.cn. MedPortal will be of help to biomedical data integration.
Key wordsbiomedical ontology    MedPortal    database    ontology mapping    ontology annotation
收稿日期: 2017-02-10     
PACS:  R318  
基金资助:国家国际科技合作专项(2014DFB30030)
通讯作者: *E-mail:yangxl74@gmail.com;wangh@ibms.cams.cn   
引用本文:   
郭靖文, 杨晟, 史涪仁, 邵晨, 张璐璐, 王恒, 杨啸林. 面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台[J]. 中国生物医学工程学报, 2017, 36(5): 557-564.
Guo Jingwen, Yang Sheng, Shi Furen, Shao Chen, Zhang Lulu, Wang Heng, Yang Xiaolin. A Biomedical Ontology Repository and Platform Focused on Precision Medicine. Chinese Journal of Biomedical Engineering, 2017, 36(5): 557-564.
链接本文:  
http://cjbme.csbme.org/CN/10.3969/j.issn.0258-8021.2017.05.007     或     http://cjbme.csbme.org/CN/Y2017/V36/I5/557
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